Archives Mensuelles: décembre 2012

FBH l’année 2012 en revue. BONNE ANNEE A TOUS

Les lutins statisticiens de WordPress.com ont préparé le rapport annuel 2012 de ce blog.

En voici un extrait :

600 personnes ont atteint le sommet de l’Everest en 2012. Ce blog a été vu 7 800 fois en 2012. Pour que chaque personne ayant atteint le somment de l’Everest puisse visiter ce blog, 13 ans auraient été nécessaires.

Cliquez ici pour voir le rapport complet.

La montée inexorable de la résistance aux antibiotiques, une aubaine pour la phagothérapie ?

source: http://www.sciencephoto.com/media/249795/viewL’arrivée progressive des bactéries hautement résistantes confirme qu’il faudrait mettre en place des mesures quasi-militaires pour enrayer le phénomène d’évolution des résistances aux antibiotiques.

Le contrôle des rapatriements sanitaires n’ont qu’une fonctionnalité toute relative. Et les hôpitaux sont forcément tenus d’accueillir tout patient quel qu’il soit, bien qu’il ne soit pas rare que des choix médicaux « borderlines » soient soutenus localement pour éviter d’entrer dans des mesures de précautions généralisées avec des sectorisations de services et du personnel couteuses et presque insupportables dans des établissements déjà en mauvaise santé financière.

De grands choix mondiaux devraient être pris rapidement afin de freiner coûte que coûte cette montée diffusion des bactéries multi-résistantes.

Si le contrôle de la diffusion des Staphylocoques dorés résistants à la méthyciline semble se confirmer grâce à la généralisation des solutions hydro-alcooliques,  la guerre s’enlise complètement face aux bactéries productrices d’une béta-lactamase à spectre étendu (ou élargie).  L’arrivée récente des bactéries hautement résistantes confirme cet enlisement au travers d’une politique d’utilisation des antibiotiques complètement insatisfaisante.

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Le grand challenge pour l’industrie de l’antibiotique est d’accepter une modération de l’utilisation de leurs produits. En effet si la médecine humaine est la première a être mise en cause dans la montée de ces résistances, la médecine vétérinaire elle aussi devrait revoir sa copie et au delà même toute la filière agricole.

L’industrie de l’antibiotique n’est plus en mesure d’apporter en temps et en heure les nouvelles molécules qui seraient capables de reprendre le contrôle de ces nouvelles souches bactériennes multi-résistantes. Chaque entreprise productrice d’antibiotiques devra développer de nouvelles technologies capables de remplacer les antibiotiques si elle souhaite rester compétitive face à un phénomène naturel. Ne serait ce pas un projet simple de développement durable ?

Les conflits d’intérêts sont enfin pris en compte dans les rapports d’enquêtes et dans chaque document scientifique afin de mieux percevoir les tenants et aboutissants de chacun des participants.

Comme dans toute bataille, il faut diversifier les armes … et la phagothérapie commence seulement a être acceptée de certains scientifiques comme hypothétique candidat.

La phagothérapie est une méthode scientifique de destruction des bactéries par l’utilisation de virus « bactériophages » dirigés spécifiquement contre ses bactéries. La méthode a été peut soutenue jusqu’alors car peut d’investisseurs ne souhaitaient s’y pencher eu égard à l’essor économique important et sûr des antibiotiques.

Les équipes scientifiques les plus performantes sur ce sujet travaillent « actuellement en Europe de l’Est (à Tbilissi en Géorgie et à Wroclaw en Pologne) car, à la différence des Etats-Unis et de l’Europe occidentale, les bactériophages ont continué à être utilisés après la découverte des antibiotiques » lit on sur phagespoirs.unblog.fr .

Il ne reste plus qu’à financer et cadrer le périmètre des études scientifiques nécessaires à la validation d’une telle méthode avant les tous premiers essais cliniques à grande échelle dans nos hôpitaux tout en respectant les brevets des chercheurs de l’est … Ce que l’occident peine scandaleusement à faire pour des raisons surtout financières …

source entête image: http://www.sciencephoto.com/media/249795/view

source graphique:  Impact de l’augmentation de l’incidence des entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (EBLSE) sur l’application des précautions complémentaires dans un centre hospitalier universitaire (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0369811412000958)

Foyer de Grippe A en Haute Savoie faut-il encore s’alarmer ?

stop-grippe-aTous les médias s’empressent encore d’inquiéter la population avec ce nouveau foyer épidémique et certains osent dors et déjà lancer des titres cataclysmiques « La Grippe A revient » …

Pour autant que chacun des scientifiques du Réseau des Groupes Régionaux d’Observation de la Grippe (GROG) le sachent, la grippe A n’a jamais complètement disparu de notre territoire … En effet il suffit de visiter le site internet http://www.grog.org/ et se diriger sur la page « situation en France » pour vite comprendre qu’elle est même majoritaire encore dans certaines régions telle que l’Ile de France …

grippe A france

Le GROG expique pour la semaine 50 une situation nationale classique:

– La fréquence des consultations pour infection respiratoire aigüe (IRA) en médecine générale et en pédiatrie poursuit sa lente progression.

– Les détections de virus grippaux A et B dans les prélèvements effectués par les vigies du Réseau des GROG deviennent plus fréquentes.

– L’épidémie de bronchiolite à VRS (virus respiratoire syncytial) du jeune enfant se poursuit mais semble atteindre son pic.

– Il ne faut plus tarder pour vacciner contre la grippe les personnes à risque et ceux qui les prennent en charge.

– Les mesures barrières (lavage des mains, aération des locaux, port du masque, mettre son coude devant sa bouche ou son nez pour tousser ou éternuer, éviter les embrassades, etc.) sont particulièrement de mise.

Pourquoi une telle médiatisation ?

Il s’agit en fait d’une épidémie localisée dans une clinique de convalescence et touchant 35 individus incluants patients et personnel. Ce type de foyer est complètement classique dans une période qui précède l’épidémie annuelle de grippe. Et c’est parce que ce foyer touche un établissement de soins qu’il a été administré à l’ensemble des individus infectés et contacts un traitement au Tamiflu(r).

Rappel:  Il est encore temps de vous vacciner… l’épidémie est attendue dans environ 15 jours. Mais sachez qu’il n’est jamais trop tard pour se vacciner contre la grippe, même en situation épidémique le bénéfice est reconnu.

Sources:

http://www.grog.org/bullhebdo_pdf/bull_grog_50-2012.pdf

http://www.radinrue.com/article7815.html

La spectrosco​pie optique en passe de revolutionner la mesure de la biocontamination

Sans titreLe développement de la microbiologie rapide a le vent en poupe.

Il devient de plus en plus insupportable d’attendre au rythme microbiologique le délai pour identifier un germe ou de pouvoir dénombrer les quantités bactériennes… souvent réalisées 24 à 48 heures après, lorsqu’il ne s’agit pas d’attendre 7 jours pour les flores fongiques. Parmi ces méthodes on peut citer des méthodes de biologie moléculaire telle que la PCR en temps réelle, biochimiques telle que l’ATPmétrie et maintenant physiques telle que  la Spectroscopie Optique.

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C’est après les événements de septembre 2011 aux Etats-Unis que cette technologie a été développée, alors que la crainte d’une attaque par arme biologique à base de spores de Bacillus anthracis modifiées était maximale. C’est l’armée américaine qui developpa cette technologie démarquée parmi d’autres prototypes. Le besoin était de pouvoir évaluer le risque de présence d’organismes viables mais non cultivables (VBNC). Ces VBNC sont tous ces micro-organismes capables de se mettre en état de dormance:

Tableau A: Micro-organismes possédant un état de dormance:

Aeromonas salmonicida Agrobacterium tumefaciens Alcaligenes eutrophus
Aquaspirillum sp. Burkholderia cepacia Burkholderia psudomallei
Camphylobacter coli Camphylobacter jejuni Camphylobacter lari
Cytophaga allerginae Enterobacter aerogenes Enterobacter cloacae
Enterococcus faecalis Enterococcus hirae Enterococcus faecium
Escherichia coli Francisella tularensis Helicobacter pylori
Klebsiella aerogenes Klebsiella pneumoniae Klebsiella planticola
Lactobacillus plantarum Lactococcus lactis Legionella pneumophilia
Listeria monocytogenes Micrococcus flavus Micrococcus luteus
Micrococcus varians Mycobacterium tuberculosis Mycobacterium smegmatis
Pasteurella piscida Pseudomonas aeruginosa Pseudomonas fluorescens
Pseudomonas putida Pseudomonas syringae Ralstonia solanacearum
Rhizobium leguminosarum Rhizobium meliloti Rhodococcus rhodochrous
Salmonella enteridis Salmonella typhi Salmonella typhirium
Serratia marcescens Shigella dysenteriae Sinorhizorium meliloti
Streptococcus faecalis Tenacibaculum sp. Vibrio anguillarum
Vibrio campbellii Vibrio cholerae Vibrio fischeri
Vibrio harveyi Vibrio mimicus Vibrio natriegens
Vibrio parahaemolyticus Vibrio proteolytica Vibrio shiloi
Vibrio vulnificus types 1 et 2 Xanthomonas campestris

La spectroscopie optique était déjà utilisée, dans les années 90, pour la détection des allergènes dans l’air. Elle a été adaptée et depuis 2005 sa sensibilité et  sa spécificité ont été améliorées afin de répondre aux besoins de l’industrie pharmaceutique et des environnements ultrapropres.

« Stress thermique, chimique, absence d’eau, passage d’un milieu hostile et carencé à un milieu nutritif riche, facteurs de croissance manquants, teneur en CO2 ou O2… Un rapport publié en 1997 par Heidelberg et al. indique que beaucoup de bactéries restent viables après avoir été aéroportées, mais perdent leur faculté de former des colonies. »

Il est dors et déjà reconnu que les aérobiocollecteurs possèdent une efficacité biologique et une efficacité physique d’impaction très variables d’un modèle à un autre selon la vitesse d’impaction, la conception des cribles ou l’utilisation de milieu complémentés.

L’ensemble des éléments cités plus haut rappelle simplement à la vigilance et à l’ouverture sur de nouvelles technologies plus sensibles, ceci même si les techniques classiques ont été éprouvées et ont fait leurs preuves depuis des années.

La position de la FDA est claire sur ce sujet : la division spécialisée dans l’évaluation des RMM voit d’un oeil favorable l’adoption de nouvelles technologies plus sensibles et résolutives permettant une meilleure connaissance et donc un meilleur contrôle des process.

Ce que promet déjà cette technique est « la détection simultanée de la taille et de la nature des contaminants ».

Le système Biovigilant:

« L’IMD-A de Biovigilant a été validé dans le laboratoire G-lab du groupe Yamatake à Fujisawa au Japon, niveau de sécurité P2. »

Ce nouveau système « utilise une propriété naturelle de certains métabolites présents dans les micro-organismes : l’émission d’un rayonnement de fluorescence en réponse à l’excitation induite par de la lumière laser. Le NADH (nicotinamide adénine dinucléotide oxydé) et la riboflavine sont deux coenzymes utilisés pour les formes végétatives et l’acide dipicolinique (constituant de la paroi) pour les formes sporulées. »

Deux informations seront données, la taille de la particule obtenue en diffraction de la lumière laser et, au même instant et en fonction de la détection ou non de la fluorescence, s’il s’agit d’une particule inerte ou biologique (figure ci-dessous, source: http://www.processpropre.fr/Archives-article/Fiche/941#)

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« La fluorescence est captée par un réflecteur semi-ellipsoïdal dont la fonction est de recueillir, d’amplifier considérablement et de focaliser le signal sur le tube photomultiplicateur.

La chambre optique a été mathématiquement modélisée (ci dessous), la forme particulière du réflecteur va collecter la fluorescence émise par le micro-organisme selon un angle de 270 degrés, amplifiant par un facteur 100 à 1 000 le signal par rapport à des systèmes optiques classiques, qui détectent la fluorescence sur quelques degrés, voire moins. Ce dispositif rend possible la visualisation en temps réel sans marquage préalable.

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Le coeur du système est conçu avec un niveau de bruit remarquablement bas, la fluorescence induite par une bactérie monodispersée étant très faible. De nombreux seuils, en fluorescence, en diffraction laser et sur des ratios de ces deux grandeurs ont été définis puis validés pour garantir la spécificité du système aux micro-organismes, bactéries, levures et moisissures.

Biovigilant a également développé une particule submicronique » (taille inférieure au micron)  « présentant une réponse en fluorescence comparable à celle d’une bactérie monodispersée. Cette dernière est utilisée pour vérifier le seuil de détection.

Le système va plutôt détecter les organismes viables, même si aucune garantie sur ce point n’est revendiquée par le concepteur. Dans le cas de destruction par des agents chimiques oxydants, les métabolites sont dénaturés et ne fluorescent plus. Dans le cas de destruction par la chaleur sèche ou chaleur humide le signal passe en dessous du seuil de détection après une durée très variable d’un micro-organisme à un autre, de quelques heures à quelques jours. »

Il est possible de trouver les informations de validation de la technique (matériel, souches, conditions environnementales, modélisations mathématiques) sur l’article source.

Conclusion

« L’IMD-A est un puissant outil analytique dont l’utilisation est particulièrement pertinente lors de media fill tests, d’analyses de risque ou encore lors d’investigations sur des sources potentielles de microcontaminations.

Le système apporte une solution en temps réel et indépendante des contraintes complexes de biocollection et de croissances rencontrées sur les méthodes classiques.

Cette technologie permet également un véritable contrôle en continu du niveau de contamination microbiologique et de fait s’intègre parfaitement dans des démarches de Quality by Design. »

Cependant, le système ne permet pas la récupération des germes pour une analyse ultérieure, ce qui dans de nombreux cas en hygiène hospitalière pose un véritable soucis dans les enquêtes épidémiologiques lors de cas d’infections. Aucune comparaison de souches par le biais d’une technique de biologie moléculaire n’est possible.

Source:

http://www.processpropre.fr/Archives-article/Fiche/941

autres sources:

http://www.biovigilant.com/PDFs/Articolo%20Bolotin.pdf  (en italien)

http://www.promedianet.it/pdf_articoli/lab_05_36-37.pdf (en italien)